2003年11月學校第七次黨代會以來，在黨中央、國務院的親切關懷下，在教育部和天津市委的領導下，學校黨委團結依靠全校各級黨組織、全體共產黨員和師生員工，堅持“求精求強、注重特色”的發展思路，堅持“抓發展、保穩定、促和諧”的工作要求，圍繞“建設國際知名高水平大學”的奮斗目標，穩步實施“五大戰略”舉措，求真務實、攻堅克難，推動各項改革和事業發展取得顯著成就。
人才培養成績突出，教育質量不斷提升
堅持內涵發展道路，基本穩定本科生規模，適度擴大研究生規模，保持了學生培養層次與結構的相對合理。教學中心地位得到鞏固，教學基礎和教風學風建設得到加強，學校接受第二次本科教學評估并獲得優秀評價。認真貫徹落實中央16號文件精神，思想政治理論課教育教學改革富有成效，學生思想政治教育模式不斷創新，學生工作隊伍建設得到加強，學生思想道德素質得到提升。堅持“課堂教學、校園文化、社會實踐”三位一體人才培養模式，注重人文素質與科學素質教育有機融合，塑造學生的健全人格。積極實施科研百項工程，承辦第十屆全國“挑戰杯”等重大活動，調動學生學習創新的積極性。研究生分類培養方案穩步實施，培養機制改革深入推進，博士生淘汰機制成為保障培養質量的重要措施。新增一批國家級教學團隊、國家級教學名師獎獲得者、國家級精品課程、國家人才培養基地和國家級實驗教學示范中心，逐步形成了高水平的教育教學體系，獲得國家級教學成果獎20余項。
　　學科優勢得到鞏固，科學研究成果豐碩
堅持以學科建設為龍頭，本科專業和碩士點、碩士專業學位點、博士點及博士后流動站數量持續增長，國家重點學科數量發展到6個一級國家重點學科（覆蓋35個二級學科）、9個二級國家重點學科、2個二級國家重點培育學科；化學、數學、歷史、經濟學等優勢學科在全國高校學科評估中名列前茅，生物技術、環境保護、新材料新能源、現代物流等相關領域新的學科增長點發展勢頭良好；中國旅游管理干部學院整建制并入，旅游服務學科得到加強。“藥物化學生物學”國家重點實驗室獲批立項建設，新增一批省部級重點實驗室、研究中心和培訓基地；7個國家文科創新基地和一批與國家部委共建的文科研究基地在服務國家戰略中發揮重要作用。學校自主創新能力和承擔重大科研項目的能力顯著提高，科研經費由2004年的1.97億元增加到2010年的4.25億元。在各學科最高級別刊物發表論文篇數大幅增加，SCI和CSSCI期刊發文量和引用次數穩居全國高校前列。在數學、生物、化學、應用物理和經濟管理等領域取得一批具有重大影響的標志性成果，獲得國家自然科學獎、國家科技進步獎、國家技術發明獎等國家級重大獎勵10項，獲得高校人文社會科學研究成果獎等省部級以上獎勵數百項。參與馬克思主義理論研究和建設工程受到表彰，在服務國家戰略需求和天津濱海新區開發開放中發揮了積極作用，一批高質量的咨政研究報告得到黨和國家領導人的批示肯定。
　　隊伍建設成效顯著，師資力量日益雄厚
堅持人才強校戰略，培養與引進并重，推動師資隊伍建設和管理干部隊伍建設，深化人事制度改革，實現了編制內的合同聘用制。教師隊伍基本完成新老更替和結構轉型，學緣學歷結構和職稱結構得到明顯改善，擁有博士學位的教師比例已經達到74.6%，一批優秀中青年骨干成為教學科研的中堅力量，海內外高水平人才引進力度不斷加大。目前，擁有專任教師1995名，包括兩院院士、“973”和“863”計劃首席專家、馬克思主義理論研究和建設工程首席專家、國家“千人計劃”入選者、長江學者特聘教授等一批領軍人物，基本形成了素質優良、學術精湛的高水平師資隊伍。
　　交流合作活躍深化，學校影響穩步提升
堅持開放性辦學理念，與270多所海外知名院校和科研機構建立學術交流與教育合作關系。聘請了一批海外專家來校工作，派遣師生赴境外參加學術會議、從事合作研究或攻讀學位等六千多人次，對外交流的層次、質量和效益得到提高。舉辦第八屆中歐工商論壇、中日大學校長論壇等兩百余次國際會議或國際活動，接待國際來訪六千多人次。承建7所海外孔子學院，建立了國家“跨文化交流研究與培訓基地”。留學生教育規模不斷擴大，招收各類留學生1.7萬人，培養層次和培養質量位居全國高校前列。
　　學校先后與云南、海南、新疆、貴州、遼寧以及國家旅游局、國家統計局、國務院新聞辦、交通銀行、解放軍301醫院等省市和部門，開展多種形式的交流合作，拓展了服務社會的領域和層次。尤其是通過構建服務平臺、承擔專項任務、掛職鍛煉等方式，形成了多層面、全方位服務天津發展的聯動機制，與地方政府合作創辦的濱海學院已經發展成為全國優秀獨立學院。
　　新校區規劃立項啟動，和諧校園建設深入推進
學校抓住歷史機遇，積極工作、努力爭取，贏得教育部和天津市的鼎力支持，推動新校區的醞釀選址、規劃立項取得重大進展，一期建設即將全面開工。堅持開源節流的工作思路，在面臨很大財政壓力的情況下，積極開辟籌資渠道，辦學經費收支規模逐年擴大。2010年與2003年相比，辦學經費收入增加9.85億元，增長了118.73%；辦學經費支出增加9.63億元，增長了134.86%。其中，人員經費支出增加6.05億元，增長了189.50%，教職工工資待遇和學生資助水平穩步提高。深化后勤體制改革，組建接待服務中心，學校后勤服務保障能力得到有效提升。推進校辦產業清理改制，原允公集團遺留問題得到實質性解決。附屬中學、附屬小學實現整體搬遷，優化了辦學環境。第二主教學樓、綜合實驗樓、新體育中心、西區學生公寓等陸續建成并投入使用，學生學習和生活條件得到改善。圖書館現代化水平不斷提高，數字化校園建設順利推進。
　　有效發揮校園媒體的思想教育和輿論引導作用，成功舉辦建校85周年暨百年南開慶典、90周年校慶等重大活動。切實加強軟環境建設，努力營造有利于人才成長、干事創業的良好氛圍。積極推進校務公開和民主管理、民主監督，多渠道發揮學術委員會、教代會工會、共青團組織、學生會和離退休老同志的重要作用。高度重視和諧穩定，全面加強思想政治工作，主動關心解決與師生切身利益相關的實際問題。全面加強校園交通秩序整頓和綜合治理，依法妥善處置若干敏感問題、突發事件，營造了平安、和諧、穩定的發展環境。
　　黨的建設全面加強，黨的工作卓有成效
認真學習貫徹黨的十六大、十七大精神，扎實開展保持共產黨員先進性教育活動、深入學習實踐科學發展觀活動，正在積極開展創先爭優活動和學習型黨組織建設，以優異成績通過天津市高校黨建工作評估。堅持用中國特色社會主義理論體系武裝師生頭腦，各級領導干部和廣大黨員的思想政治素質得到提高。科學調整支部設置，優化基層組織結構。堅持開展“創最佳黨日”活動，著力在“雙高”人員和青年學生中發展黨員，探索建立了符合南開實際的黨員發展和黨員教育機制。
　　制訂并實施《中共南開大學基層支部工作細則》，在全國高校率先制訂施行《南開大學專業學院工作細則（試行）》，黨的制度建設全面深化。領導班子和干部隊伍建設得到加強，堅持黨委領導下的校長負責制和民主集中制，建立了校領導班子年度工作總結和述職制度、重大事項報告制度，完善了各級黨組織的民主生活會制度，健全了領導干部聯系基層、服務群眾制度，積極推進黨內民主和黨務公開，干部選拔、培養、任用、考核與監督的規范化水平逐步提升。進一步夯實黨的統一戰線工作基礎，充分發揮民主黨派和統戰人士的積極作用。
　　深化學校懲防體系建設，整體推進反腐倡廉工作。不斷強化黨風廉政建設責任制的貫徹落實，深入開展有針對性的廉潔教育，圍繞領導班子議事規則、決策程序及財務、招生、采購、基建等重點領域，著力完善制度，規范管理。積極推進招投標管理體制改革，認真開展“小金庫”和商業賄賂專項治理，嚴肅查處了一批重要案件。
　　截至2011年6月底，全校共有33個分黨委（黨總支），575個基層黨支部，黨員總數達到1.33萬名，與2003年相比增長了84.8%。先后有523個基層黨組織、443人次獲得校級以上表彰，學校黨的建設工作多次受到中央領導同志和教育部、天津市的表揚與肯定。