第三次“雙代會”上的校長工作報告，是在深入調研，廣泛聽取廣大師生意見，充分發揚“黨委領導、校長負責、教授治校、民主管理”的基礎上形成的。報告近萬字，凝聚了學校黨政領導班子的大量心血，集中體現了全校師生的集體智慧，反映了全校師生的共同心愿。報告通篇貫徹了中央關于樹立科學發展觀、構建和諧社會等一系列戰略指導思想，同時結合我校實際，提出了學校工作重心“三個轉移”、努力做好“三篇文章”的方針。現在我們將其報告要點摘錄如下：
　　一）報告回顧06年工作時，肯定成績、實事求是。報告在前面回顧06年工作的基礎上，總結出了八方面取得顯著成效的工作。包括：本科教學評建工作扎實推進、教學水平進一步提高、科研與學術交流工作進一步強化、學科建設水平進一步提升、人才強校戰略成效顯著、內部管理體制更具活力、國際合作更加廣泛和富有成效、黨建和思政工作進一步加強。
　　二）報告提到學校發展中存在的不足和問題。校長工作報告中在總結成績的同時，也清醒地看到，學校在快速發展過程中，還存在不少的困難和問題。主要表現在：一是重大的科研項目和成果還很少；二是高層次人才，特別是領軍水平人才還較缺乏；三是超大規模的多校區管理還有待進一步加強。
　　三）報告提出2007年學校工作的總體要求：
　　繼續堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面貫徹落實科學發展觀，積極推進工作重心從外延發展轉移到內涵建設上來，從以數量擴張轉移到進一步提高質量上來，從以教學為主轉移到教學與科研并重上來的“三個轉移”，認真做好管理、質量、特色“三篇文章”，不斷提升學校核心競爭力，促進學校各項事業又好又快地發展，努力創建高水平的新型綜合性大學。
　　四）07年學校工作思路之一：
　　“加強管理，創新體制機制，優化資源配置，規范辦學行為”。
　　具體表現在：一是要樹立現代管理理念，大力開展“管理年”活動；二是要建立和健全現代大學制度；三是要加強財務和資產管理；四是要進一步深化后勤管理體制改革；五是要強化附屬、直屬醫院的建設與管理；六是學校其他各項工作也要按照學校工作總體要求，嚴格管理，整體推進，協調發展。
　　五）07年學校工作思路之二：狠抓質量，深化教學改革，抓好評估整改，提高辦學聲譽
　　一是要全面啟動質量工程建設。二是要切實做好本科教學評估的整改工作。三是要進一步完善素質教育課程體系，將素質教育核心課程列為通識課程，進行重點建設。四是要進一步提高研究生的培養質量。五是要進一步提高生源質量和畢業生就業率。六是要切實提高繼續教育質量。七是要積極推進國際化進程。
　　六）07年學校工作思路之三：突出特色，構筑人才高地，服務江西崛起，提高辦學效益。
　　一是要實施“文理工醫滲透、學研產相結合”的辦學思路。二是大力推進研究型大學建設。三是要實施“高層次創造性人才計劃”。四是要切實加強科研基地建設。五是要進一步實施省高校哲學社會科學領軍人才和科研學術骨干培養計劃。
　　七）07年學校工作思路之四：加強黨建和思想政治工作，弘揚昌大精神，凝聚全校師生，構建和諧校園。
　　一是要繼續推進民主政治建設。二是要進一步加強各級組織和領導班子的思想政治建設。三是要繼續抓好黨風廉政建設和反腐敗工作。四是要加強宣傳思想工作。五是要加強大學生思想政治教育。六是要加強安全穩定工作。
　　八）校長工作報告的其觀點和立論是在國內外高等教育發展趨勢、我校自身資源和發展現狀以及高等教育發展規律的基礎上提出的。工作思路既有對既往政策的延續，又有根據新情況新局面做出的創新。報告具有很強的針對性、指導性。