第一次教學研討會時間：1999年8月地點：安徽省巢湖市主題：修訂各專業的教學計劃和教學大綱，調整和改進現有專業的課程體系、教學內容和教學方法。第二次教學研討會時間：2000年7月地點：安徽省安慶市主題：適應高教改革新形勢，穩步提高我校的辦學質量和效益，為學校的改革和可持續發展獻計、獻策。第三次教學研討會時間：2001年7月地點：安徽省六安市主題：加強實驗室和實驗教學隊伍建設，改進實驗教學方法，更新實驗教學內容，全面提高實驗教學質量。第四次教學研討會時間：2002年7月地點：安徽省巢湖市主題：為安徽醫科大學發展、為培養高素質醫學人才獻計獻策。會議要求，立足合肥，輻射周邊，面向沿海，加快實踐教學基地建設，加強學生實踐能力訓練，努力培養適應醫療衛生服務事業發展和社會需求的高質量醫學人才。第五次教學研討會時間：2003年7月地點：安徽醫科大學主題：團結拼搏，真抓實干，苦戰四個月，力爭我校在國家教育部本科教學水平評估中取得優異成績。會議強調，本科教學水平評估是檢驗學校辦學實力的重要標志，也是學校發展的一個難得的契機，全校師生要發奮努力，頑強拼搏，為安徽醫科大學做大做強，做出積極的貢獻。第六次教學研討會時間：2004年7月地點：安徽省太湖縣主題：專業建設與結構調整。會議指出，專業建設是高等學校發展的根本保證，通過幾代人的努力，我校由單一學科專業的學校，發展到今天擁有多學科、多專業的綜合大學，辦學的規模和實力得到了前所未有的發展，在做大方面邁出了可喜的一步，但是隨著社會的進步和科學技術的發展，專業結構的調整和內涵建設已成為擺在我們面前的一個迫切需要解決的問題，只有科學合理的完善和解決這個問題，我校才能在做強方面邁上一個新的臺階。第七次教學研討會時間：2005年7月地點：安徽省黃山市主題：以“質量管理年”活動為契機，堅持“鞏固、深化、提高、發展”的指導方針，貫徹教育部《關于進一步加強高等學校本科教學工作的若干意見》，牢固樹立質量是高等學校的生命線的理念，建立健全我校教學質量監控與保障體系，全面提高教學質量和辦學水平，使本科教學工作朝著健康的方向穩步發展。第八次教學研討會時間：2006年7月地點：浙江省杭州市主題：加快建設高質量師資隊伍。會議強調，牢固樹立“人才資源是第一資源”的觀念，始終抓住師資隊伍建設不放松，不斷加強教師培養和培訓工作，大力實施“四百工程”，加快學術創新團隊建設，全面提升教師的層次和水平，使我校建設所急需的各類優秀人才留得住、引得進、用得好，開創尊重勞動、尊重知識、尊重人才、尊重創造的良好局面。第九次教學研討會時間：2007年7月地點：安徽省宿松縣主題：進一步加強七年制教學工作，堅持“七年一貫，本碩融通，加強基礎，提高素質，整體優化，面向臨床”的原則，加強人才隊伍建設和學科學位點建設，鼓勵學生早期接觸臨床，早期科研訓練，早期接觸社會，加強人文教育與醫學教育的融合，基礎醫學與臨床醫學的融合，臨床醫學與預防醫學的融合，科研訓練與技能培養的融合，為達到七年制教學工作水平評估良好目標，保障辦學質量，爭辦八年制奠定基礎，并將成功經驗和做法貫徹到本科各專業。第十次教學研討會時間：2008年7月地點：安徽省績溪縣主題：科學把握高等教育發展的新趨勢，認真總結十年來我校教學改革的工作經驗，從我校實際出發，充分認識醫學教育的精英屬性，分析研討貫徹執行本科醫學教育標準，創新人才培養理念，以培養高素質、高質量醫療衛生人才為我校今后工作的核心，全面推進專業建設與發展，提高辦學水平和人才培養質量。第十一次教學研討會時間：2009年7月地點：福建省廈門市主題：深入學習實踐科學發展觀，構建“國家-省-校”三級質量工程體系，實現我校教學工作可持續發展；同時部署安排當前和今后一個時期學校的教學工作。第十二次教學研討會時間：2010年7月地點：浙江省湖州市主題：教研室、學科系建設和專業學位研究生培養工作。