從1998年開始，為配合政府機構改革和職能轉變，國家對國務院部門（單位）所屬學校集中進行了大規模的調整，確立了中央和省級政府兩級辦學，以地方統籌管理為主的新的高等教育管理體制。在這次高等教育管理體制改革中，學院的隸屬關系發生了深刻變化。1999年1月12日，國務院印發了《關于調整五個軍工總公司所屬學校管理體制的決定》 （國發 〔1999〕 3號），作出了對航空、航天、兵器、船舶、核工業五個軍工總公司所屬學校管理體制進行調整的決定。

1999年3月16日，《國務院辦公廳轉發教育部等部門關于調整五個軍工總公司所屬學校管理體制的實施意見的通知》（國辦發〔1999〕24號）公布，對調整方案、實施辦法、實施的組織和步驟作出了明確規定。1999年4月6日至9日，國防科工委會同教育部、國家計委、財政部組織召開了五個軍工總公司所屬學校管理體制調整工作會議。根據有關文件精神，五個軍工總公司向17個省市和國防科工委辦理了39所學校（25所高校、14所直屬中專）的交接手續。至此，長春光學精密機械學院的管理體制由以中國兵器工業總公司管理為主調整為吉林省與國防科工委共建，以吉林省管理為主。

在這次高等教育管理體制改革過程中，學院經過多方努力，保持全國招生不變，國防科研項目渠道不變，7個專業被列為國家管理的國防特色專業，實現了管理體制改革的平穩過渡。同時，面對高等教育管理體制改革所帶來的影響，學院領導班子審時度勢，不失時機地確立了“立足吉林、服務國防、尋求機遇、加快發展”的辦學思路，在人才培養、科學研究、服務社會等方面，增強了為吉林省和國防科技工業服務的能力與水平。

2000年8月，根據《吉林省人民政府辦公廳轉發省教育廳等部門制定的關于調整省政府有關部門（單位）所屬學校管理體制的實施方案的通知》（吉政辦發 〔2000〕 85號），長春建筑材料工業學校并入學院。院長姜會林在干部大會上強調，長春建筑材料工業學校并入長春光學精密機械學院實行實質性并入，同時對并入后的機構設置，原長春建筑材料工業學校的人事、財務、后勤、國有資產管理及教職工的福利待遇等政策進行了說明。他要求，全體干部要充分認識合并是學院改革的重大舉措，有利于兩校的共同發展；要服從大局，政令統一，步調一致，順利實施并入的各項工作，共同建設好組合后的長春光學精密機械學院。

長春建筑材料工業學校的并入，使學院新增校園面積 17.59萬平方米、建筑面積4.99萬平方米、固定資產 3100萬元，新增在校生 2458人、教職工287人，擴大了辦學空間，增強了辦學實力。這是學院抓住高等教育擴招的歷史機遇，使辦學規模迅速擴大的重要舉措。

國家高等教育管理體制改革是歷史之勢、大勢所趨，學院積極響應國家號召，一方面認真貫徹落實黨和國家關于高等教育改革發展的一系列方針政策，服從管理體制調整；另一方面緊緊抓住國家實施科教興國戰略、國防科技工業戰略重組的歷史機遇，凝聚力量，扎實工作，走跨越式發展道路。雖劃歸吉林省政府管理，但自強不息的長理人立足軍工的辦學特色沒有變，科技報國的情懷沒有變，為國擔當的初心更沒有變。