定位是大學發展之基。2003年校第五次黨代會明確提出建設教學研究型大學的辦學目標，一方面是因為我們已經具備了向教學研究型大學轉變的實力和水平；另一方面，建設教學研究型大學是我校把握校情、遵循高等教育發展規律，經過反復論證提出來的。
　　2008年，校第六次黨代會，根據安醫大的發展現狀和與全國同類院校的比較，學校再次提出辦學定位由“以教學為主的教學研究型醫科大學”向建設“特色鮮明、國內先進教學研究型醫科大學”轉變。
　　一、我校已處在教學研究型大學的辦學階段我校從“類”上看,以醫學學科為優勢，擁有一批國家級和省部級重點學科和重點（特色）專業，一些學科建立了從博士后、博士、碩士到本科生的完整的人才培養體系；從“型”上看,具有較強的研究實力，科研規模不斷擴大，近些年，主持承擔了“973”、“863”、國家科技支撐計劃等一批國際、國家重大項目。皮膚病學、藥理學等多領域研究已處于國際、國內前沿水平。從我校承擔的大學職能傾向來看，我校已處在教學研究型大學的建設階段。
　　1、人才培養：我校在層次上以培養本科生為主，著重培養技術應用與技術創新型高級專門人才；積極發展研究生教育，重在促進學科建設與提升本科教育質量。我校在校生共16442人，其中博士生148人、碩士生1900人?，F已形成涵蓋博士、碩士和學士完整層次的學歷教育。并且擁有國家級或一批省級教學名師，及一定數量的在我省乃至全國享有較高學術聲望的教授。
　　2、科學研究：我校在培養人才的同時，大力開展科學研究，重在技術應用與技術創新。2006～2008年，學校累計科研項目經費7017.93萬元，其中縱向課題項目經費數為6819.4萬元；近三年承擔國家自然科學基金項目、“863”計劃、“973”計劃及國家科技支撐計劃等89項，支持經費3134.4萬元。2007年，我校發表國內科技論文1612篇，全國高校排名第49位，首次進入全國高校50強，在全國醫藥類院校中位列第12位。人均科研項目數、科研經費數、高水平論文數均達到《中國大學排名》對教學研究型大學科研的分類標準。
　　3、社會服務：我校以技術應用和科研成果積極為地方建設、區域經濟和行業發展做貢獻，不斷發揮醫藥科研服務社會民生的專長，努力加快大醫院集團建設，加快醫藥檢科技成果的推廣，推進安徽省生物醫藥產業的發展。是安徽醫療服務、醫學科研的重要先導和中堅支撐力量，為安徽省人民健康做出了矚目的貢獻。
　　二、我們要正確認識教學與科研的辯證關系1、教學對科研的推動作用⑴教學的目標和要求是推動教師從事科學研究的動力人才培養的目標和教學知識的需求是推動教師從事科學研究的動力之一。
　　⑵教學的過程是對科研精神和科研成果的傳播和驗證。
　?、墙虒W有助于教師將科學知識系統化并為科研帶來啟發。
　　2、科研對教學的促進作用⑴科研有助于革新教學內容，推動教學改革，有效提高教學質量。
　?、瓶蒲杏兄谔岣呓處煹慕虒W水平和學術品位。
　　⑶科研有助于革新舊的學科，催生新的學科，提高教學的知識覆蓋面。
　　三、我校建校實踐證明：科研事業發展對教學研究型大學建設起到了有力的支撐和提升根據《中國大學評價》發布的年度高校排名，2004年我校在全國醫學院校（含合并醫學院校的綜合性大學，下同）排名第35位，處于C+層次第6位；2005年我校全國排名第37位，處于C+層次第1位；2006年我校排名上升至第30位，處于B級第4位；2008年，我校全國排名第28位，處于B級第3位；2009年，我校排名已躍升至全國第23位，居B級第1位，且自然科學研究排名首次位居省屬高校首位。評價分項指標顯示，科研在我校大學排名進位中的權重作用不斷加強。
　　1、科研事業發展加快我校特色學科群及完整的人才培養體系構建。
　　2、科研事業發展加快我校高素質人才隊伍匯聚和建設。
　　我?，F有專任教師隊伍中具有博士、碩士學位的教師已占63.75%，有3人分別擔任中華醫學會皮膚性病專業委員會、中國藥理學會臨床藥理專業委員會的主委、中華預防醫學會衛生事業管理分會主委，4人入選國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選，5人入選教育部高校醫藥學科指導委員會專家。
　　3、科研事業發展支撐我校高水平的知識創新和技術創新平臺搭建。
　　截止至2008年，我校已連續七年保持國家自然科學基金立項穩步遞增，連續五年位居省屬高校首位。我校現已建有2個教育部省部共建重點實驗室（其中1個已于近期通過教育部驗收）、13個中央（財政部）與地方共建實驗室，17個省級以上（重點）實驗室（工程技術中心、科技公共服務平臺）。
　　4、科研事業繁榮我校對外合作交流，擴大學校的知名度。
　　近年來，我校僅承辦的大型學術交流活動即有：2002年承辦人事部“百千萬人才程”暨生物醫藥學術研討會、2005年承辦全國實驗皮膚病學術年會。2006年主辦大型學術校慶主題學術活動等。今年4月，安徽醫科大學與德國烏爾姆大學第二屆學術交流會議成功舉辦。目前，學校已同德國、瑞典、美國、加拿大、日本、韓國以及臺灣、香港地區的高等院校開展了密切的交流，形成了穩定的實質性合作交流關系，雙方互派專家學者、互派學生、相互交流信息資料、共同開展科研合作。
　　四、實現教學與科研在我校和諧發展1、以教學與科研為中心，將教學與科研融為一體。
　　2、建立教學與科研之間相對平衡的激勵機制。
　　要協調教學管理與科研管理中的矛盾，出臺一些有利于教學與科研共同發展的政策，認真研究和制定教師的教學和科研工作評價指標體系，提高教師業績考核標準的科學性、可行性，合理確定教學和科研在考核、職稱晉升中的權重，引導、督促教師端正教學科研態度，提高教學科研水平。我校從“十五”之初便開始著手激勵機制探索，實施校內年終崗位業績津貼、國家級科研項目配套、“973”計劃“863”計劃申報引導基金等制度，并已收到顯性成效，推動我校整體實力和綜合建校水平不斷攀升。