1994年，學校確定“立足行業，面向社會”的辦學定位和“對內求實，對外搞活”的工作思路，堅持從嚴治校，狠抓教學、科研、師資隊伍、學科、實驗室和基礎設施建設，學校的辦學水平、辦學條件和綜合實力穩步提高。在名譽院長孫越崎和杰出校友吳京的大力倡導推動下，經學校呈報煤炭工業部同意，國家教委于1995年4月批準恢復焦作工學院校名，標志學校由行業工科院校向通用工科院校的實質性轉變。1995年，痕跡古生物、瓦斯地質兩個學科建成河南省重點學科；1996年，煤田地質與勘探學科建成煤炭部重點學科；1997年，煤田、油氣地質與勘探，安全技術及工程，采礦工程三個學科建成河南省重點學科。1996年，在煤炭部組織的全國煤炭院校高等數學、大學物理、理論力學3門基礎課突擊抽查考試中，學校在13所本科院校中名列第二，受到煤炭部表揚；大學英語四級考試通過率連年高于全國非重點院校平均通過率近20個百分點；體育達標率連續十余年被評為河南省先進單位，1996年獲得全國高校先進單位稱號，反映出學校辦學水平和人才培養質量在不斷提高。
　　科學研究面向煤炭工業和區域經濟建設主戰場，科研項目級別逐年提升，項目數、經費數和獲獎率每年以20%以上的速度遞增。
　　1998年，國務院決定將學校劃歸河南省管理，實行“中央與地方共建，以地方管理為主”的管理體制。
　　學校黨委緊緊抓住這一歷史機遇，果斷決策，提出以學科建設為龍頭，建設既服務于煤炭行業，又服務于地方經濟發展的工科院校，進而向多科性大學邁進的奮斗目標。學校在繼續加強傳統優勢學科和專業建設、保持特色和優勢的同時，積極開拓新的學科和專業領域，努力擴大服務面向，進一步增強服務煤炭行業與地方經濟社會發展的能力，為新世紀向更高目標奮進奠定了扎實的基礎。朱建安等承擔的《EBJ-160重型懸臂式掘進機的研制》成果分別獲1998年煤炭部科技進步一等獎、1999年國家科技進步二等獎。1999年，學校科研經費首次突破1000萬元。鄒友峰主持的《條帶開采的三維層狀介質理論及其應用研究》成果獲河南省科技進步一等獎。
　　進入21世紀，高等教育事業面臨新的重要戰略機遇期。學校敏銳抓住高等教育大發展的重要機遇，解放思想，開拓進取，各項事業實現跨越式發展。
　　2000年，學校黨委審時度勢，果斷作出征地建設新校區的重大決策。8月，完成一期征地1079畝，12月，一期工程開工建設，次年9月3600余名新生順利入住，成為河南高校第一個投入使用的新校區。之后，完成二期征地1878畝，學校主體搬遷至新校區。新校區建設的順利推進，為學校各項事業發展提供了廣闊空間。同年，采礦工程、礦產普查與勘探、控制理論與控制工程、安全技術及工程四個學科建成河南省重點學科，安全技術及工程學科被批準為河南省一類重點學科。
　　2001年，學校抓住河南省建立高等學校特聘教授崗位制度的機遇，率先引進全省第一位特聘教授、教育部長江學者；之后，中國工程院院士張鐵崗、傅恒志、陳清如、中國科學院院士郭柏靈先后加盟學校，受聘擔任教授，中國工程院院士王家耀、劉先林、周豐峻、趙振業，俄羅斯自然科學院外籍院士牛濟泰，美國工程科學院院士彭賜燈相繼受聘擔任兼職教授。一大批高層次、高水平人才的引進，為學校的發展注入了生機與活力。
　　2002年，河南省政府批準學校舉辦萬方科技學院，成為全省第一所按新機制和新模式舉辦的本科層次的獨立學院，并于當年首招學生423人。同年底，首屆采礦科學與安全技術國際學術會議成功召開，來自國內外的150多名院士、專家、學者參加會議，標志學校的科研和學術水平取得新的進步。同年，彭立世承擔的《礦井瓦斯災害綜合治理示范工程配套技術的研究》成果獲國家科技進步二等獎。